法輪寺は慶長11年、西暦にして1606年市ヶ谷に(当時の法華富士派)の布令頭として大本山北山重須本門寺第十二世日賢上人にて開創。

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​寛永11年、西暦1634年江戸城総構の大工事のため牛込天神町中里に移転。

更に寛文2年、西暦1662年当所御刀作のため現在の早稲田に移転。

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当山三世日優上人は寛永18年、江戸幕府三代将軍家光公の側室であられた阿楽の方「宝樹院増山氏」難産に際し江戸城に登城し、日蓮大聖人直筆の曼陀羅を奉掲祈願し、四代将軍家綱公安産なさしめた。

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その尊い曼陀羅を「子安曼荼羅」と称し、今日大本山北山重須本門寺の宝物として現存している。